Todo inicia con la idea de un grupo de campesinos de la vereda la Carmelita, quienes preocupados por la suerte futura de sus hijos y la de otros jóvenes de la comarca, se dan cuenta que estos solo tienen la posibilidad de realizar sus estudios de primaria y luego pasar a engrosar las filas de los trabajadores del campo, la mayoría de ellos dedicados a cosechar la hoja de coca Y quienes logran continuar los estudios de secundaria deben asistir a los colegios de Puerto Asís con los costos y los peligros que esto significaba para ellos. 

Esta preocupación hizo que personas entre las que se encontraban: Moisés Garzón, Muriel Muñoz, Bertulfo Rubio, Eduardo Ramírez, Rubiano Chagüendo, Flower Polanco y la directora de núcleo Doris Caicedo, pensaran en la posibilidad de crear un colegio que funcionara en la vereda y al cual pudieran asistir no solo los niños y jóvenes de la localidad, sino también tuviera influencia en todas las veredas de la región.

La  idea comenzó a rondar en la cabeza de estas personas y fue así como al comienzo se pensó en la creación de un colegio agropecuario, donde los jóvenes adquieren las técnicas de producción para que luego puedan aplicarlas en sus fincas. Posteriormente la idea original se cambia por la de crear un COLEGIO ECOLÓGICO que permita a los jóvenes aprender a proteger y conservar los recursos y el medio ambiente natural, además de adquirir los conocimientos en las demás áreas fundamentales.

En este orden de ideas se elaboró el proyecto, y con la colaboración del señor Flower Polanco quien para la época era representante por esta comunidad al concejo municipal de Puerto Asís, lo presentaron ante este ente, correspondiendo la responsabilidad de sustentarlo al señor Vicente Prieto.

En el año de 1993, siendo presidente del concejo municipal el señor Álvaro Benavides, secretario de educación quien entonces era el señor Bernardo Carvajal y bajo la alcaldía del señor Jorge Coral Rivas, se aprueba una asignación presupuestal para la compra de un terreno, para la construcción de las aulas, como también se da  aprobación a la licencia de funcionamiento del nuevo COLEGIO ECOLOGICO EL CUEMBI que funcionara desde el grado sexto hasta el grado noveno.

Alcanzado el primer propósito que era la aprobación del proyecto, el municipio compra los terrenos de la finca del señor Benito Tapia con una extensión de 10 hectáreas, dando inicio a la construcción de 3 aulas de clases.

Paralelamente a la construcción de las aulas, se hace la convocatoria  a los jóvenes para que inicien sus estudios de secundaria en la vereda a la cual respondieron un total de 19 estudiantes, iniciando los siguientes: Demecio Bernal, Liliana Polanco, Omaira Vidal, Amparo Yonda, Gladis Collazos, Albeiro Andrade, Guillermo García, Adelina López, Héctor López, Florinda Quintero Rosas, Amanda Quintero Rosas, Luis Abelardo Méndez, Jairo Enrique Rubio, Yeiner Vitery, Wilder Caicedo, Esteban Martínez, Fabiola Sánchez, Mariza Grijalba Luis Eider Montaño. A ellos se les anexaron más adelante otros estudiantes entre los que estaban Jazmín Cerón, Ana Muñoz, Diego Caicedo, Teresa Peña, para un total de 23 estudiantes. 

Este mismo año el día 6 de octubre se inicia las labores académicas en una casa bodega de propiedad del señor Nabor Tejada.

Siendo el primer rector el señor Álvaro Pérez y como docentes de área comenzaron el licenciado Juan Carlos Mera Fajardo y la licenciada Nancy Prado.

Es de anotar que estos primeros estudiantes tuvieron como sillas troncos de palos y como mesas solo tablas montadas sobre troncos de madera, pero lo anterior no fue obstáculo para que estos jóvenes continuaran con su sueño de ser bachilleres y más adelante profesionales. 

A comienzos del año 1994 se entrega el primer bloque de aulas conformado por 3 salones, a  los cuales se trasladan los estudiantes para continuar sus labores académicas.

 Además en este año el municipio a través de la Umata se vincula con algunos funcionarios para el desarrollo de trabajos agropecuarios tales como la instalación de la huerta escolar, la siembra de una hectárea de plátano, de una hectárea de chontaduro para palmito y otras actividades del ramo. Entre estos funcionarios cabe recordar a  Heriberto Chara, Alirio Sánchez Mina, Guillermo Gallo, Héctor Sabogal entre otros Y también las Naciones Unidas se vinculan con 2 funcionarios Jairo Bautista Y Humberto Alomia.

A finales del año de 1994 se construyen 2 bloques más de aulas, una ubicada en la zona norte constituida por 3 salones y otra en la zona sur conformada por 2 salones uno de los cuales se convierte en internado.

En 1995 se construye un zoocriadero aprovechando que los estudiantes realizan un curso de construcción con el SENA y sus prácticas las realizan en esta obra, para esto se consiguió el apoyo económico del municipio y de las naciones unidas.

El proyecto tiene como finalidad estudiar el comportamiento de la boruga (AGOUTI PACA) en condiciones de cautiverio y la entidad comprometida de recolectar la información es CORPOICA quien delega para esta labor al zootecnista Wilson Martínez contando con el apoyo de CorpoAmazonia y la colaboración de los estudiantes del colegio quienes son los encargados de alimentar y cuidar a los animales. También en el zoocriadero se implementaron otras especies como; una danta, algunos cerrillos y guaras, esto hizo que el colegio sea un lugar recordado por las personas que lo visitaban.

A mediados del año 1996 se comienza a trabajar sobre el PROYECTO EDUCATIVO INTITUCIONAL (P.E.I.) recibiendo varias capacitaciones al respecto. Se realizan talleres, debates, reuniones con estudiantes, docentes y padres de familia, hasta lograr el primer p.e.i. con su HORIZONTE INSTITUCIONAL.